Madoka, Homura, Mami, Sayaka i Kyoko... Wszystkie czarodziejki są nareszcie jedną drużyną i wspólnie bronią miasta Mitakihara przed wiedźmami... Ale czy naprawdę jest tak, jak się wydaje? Homura jako jedyna zaczyna dostrzegać, że ze światem w które wszystkie żyją i walczą jest coś...